高等教育研究所
圍繞建設世界水平中國特色一流大學的基礎理論、重大政策和實踐問題展開研究，突出“交叉-融合-創新”特色，推動我國高等教育研究的理論和范式創新，努力在拔尖創新人才成長規律和清華大學拔尖創新人才培養模式方面取得標志性成果，在國內國際上產生引領作用。
教育政策與管理研究所
打造世界知名并具重要影響力的研究團隊，培育富有教育情懷并能引領未來教育發展的高層次人才，在高等教育戰略規劃、研究生教育等領域形成學術高峰。
教育技術研究所
構建職業教育信息化研究平臺，加強校內外、國內外緊密協同的多學科研究團隊建設，系統化開展職業教育和高等教育領域信息化研究，在職業教育信息化理論研究及該領域高層次人才培養方面產生引領作用。
工程教育研究所
致力成為國家工程教育智庫、高端人才培養基地和頂級學術交流平臺，持續提升國際影響力。在工程教育政策、工程領軍人才培養、多方協同育人、價值倫理塑造、未來工程教育等方面的研究與工程教育高層次人才培養上保持領先地位。
基礎教育研究所
研究范圍覆蓋學前教育、九年義務教育和普通高中教育三個學段，側重基礎教育的政策性研究、戰略性研究。在推動基礎教育改革創新方面取得了較為豐碩的成果。
